林杰樑呼籲少喝果汁或運動飲料等飲品而改以白開水取代

2008年中國奶製品污染事件爆發後，林杰樑在得知行政院要求行政院衛生署組團前往中國大陸考察後，便批評說「不如把錢花在有疑慮乳製品的全面檢驗」；而行政院環境保護署擬定將三聚氰胺的標準設為2.5ppm時，他則舉出各個國家的做法並且主張臺灣必須訂定最為嚴格的標準[36][40]，同時提到：「臺灣的情況完全不一樣，所以它（行政院衛生署）這樣匆促訂一個標準，我覺得會讓人家覺得它言而無信，公信力會喪失得很嚴重。[41]」在2011年爆發塑化劑事件後，林杰樑一方面公開指出鄰苯二甲酸二(2-乙基己基)酯的危險[42]，呼籲眾少喝果汁或運動飲料等飲品而改以白開水取代[43]。另外一方面也批評在發生中國奶製品污染事件後，行政院衛生署雖然成立行政院衛生署食品藥物管理局管理食品安全項目，然而由於食品管理業務相關預算過少使得主管機關只能每年挑選幾個產品進行抽驗，同時改組後的人力編排反而讓主要執行人力不足，對此他批評說「根本就是一個騙局」[44]。



2012年時，馬英九在贏得2012年中華民國總統選舉後隨即宣布要討論擴大進口美國牛肉，而政府首場美國牛肉跨部會小組會議上推翻社會普遍認知，表示美國牛肉所含的萊克多巴胺與瘦肉精必須有所區隔。對此林杰樑則在新聞媒體上引用數據大力批評馬英九政府開放進口美國牛肉的標準以及專家小組一致的意見，指出萊克多巴胺仍然是瘦肉精的一種，雖然毒性較低但還是可能引發心悸、促進心血管疾病等副作用，因此孕婦與患有心血管疾病者應該避免吃到含有萊克多巴胺的肉品[45]。林杰樑表示歐洲聯盟警告萊克多巴胺的量測應該加計其代謝中間產物，其毒性及健康風險應該要加倍計算。同時他也提到：「美牛其實是政治問題，不能以模糊科學專業的方法去解決。[46]」

2012年2月，中華民國經濟部生物技術開發中心委託昌達生化科技針對牛樟芝進行91天的動物實驗，發現老鼠接受口服牛樟芝實體粉末一定劑量後出現細胞異常增生、空洞化，評估可能服用後將會對肝臟、卵巢和腎上腺等器官造成傷害。在被新聞媒體批露相關動物實驗內容後，林杰樑表示目前牛樟芝研究的正反結果都曾被發表，行政院衛生署也核准了三家廠商之健康食品標章；但是他也提到臨床上有服用牛樟芝導致尿毒升高之患者，認為牛樟芝可能對腎上腺具有高毒性，主張為了維護國民健康而應該要進一步進行研究。結果他收到自稱是牛樟菇菌產業聯盟則委請律師寄存證信函要求3天內澄清不實言論，否則要追究法律責任。而林杰樑則自聘律師並且措辭強硬地回復[47]，最後由於無後續提告動作而結案[34]。

而在2013年時，食品安全主管單位發現有業者使用未經核准的順丁烯二酸酐化製澱粉等添加物用於日常食品中，林杰樑也主動質疑毒澱粉就是長期造成臺灣人腎病、血液透析比例居高不下的原因之一，並且要求政府應該嚴厲懲處不肖業者並且採取最高嚴格標準進行檢查[12]。其中他表示國外研究米粉、粄條等低蛋白質飲食可以改善尿毒和腎臟功能惡化，但他近期完成近400人、長達2年的追蹤研究卻發現這對臺灣的腎臟病病患無效、甚至反而加劇症狀，對此他認為這可能跟食品被加入化製澱粉有關[48][49]。同時他也質疑質疑過行政院環境保護署跟行政院衛生署認定毒澱粉僅有低毒性，但是他認為在不少食品都有添加的情況下影響範圍會更廣[32]。




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